Knjižnice, napisane v Nextflow u

rnaseq

Cev za analizo sekvenciranja RNK z uporabo STAR, RSEM, HISAT2 ali Salmon s štetjem genov/izoform in obsežnim nadzorom kakovosti.
  • 646
  • MIT

patterns

Pripravljena zbirka vzorcev implementacije Nextflow (avtor nextflow-io).
  • 281
  • MIT

sarek

Analizni cevovod za odkrivanje zarodne linije ali somatskih variant (predhodna obdelava, klicanje variant in označevanje) iz WGS / ciljnega zaporedja.
  • 256
  • MIT

chipseq

ChIP-seq peak calling, QC in cevovod diferencialne analize..
  • 149
  • MIT

atacseq

ATAC-seq peak calling in QC analiza cevovoda.
  • 142
  • MIT

mag

Sestavljanje in združevanje metagenomov.
  • 134
  • MIT

eager

Popolnoma ponovljiv in najsodobnejši cevovod za analizo starodavne DNK.
  • 96
  • MIT

configs

Konfiguracijske datoteke, ki se uporabljajo za definiranje parametrov, specifičnih za računalniška okolja v različnih ustanovah (z nf-core).
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Dokaz koncepta cevovoda RNAseq.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) potek dela najboljših praks za redke bolezni.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Natančno tipkanje HLA iz podatkov sekvenciranja naslednje generacije.
  • 45
  • MIT

rnatoy

Dokaz koncepta cevovoda RNA-Seq z Nextflow.
  • 28

GATK

Različica zarodne linije kliče cevovod Nextflow na podlagi najboljših praks GATK4.
  • 11